U zbiegu ulic: Cystersów i Opackiej

Kościół pierwotnie gotycki, wielokrotnie przebudowywany. Długość 28 metrów, szerokość - 10 m, wysokość - 12 m, wysokość wieży - 24 m.

Kościół św Jakuba został zbudowany tuz przed 1300 rokiem, jako kościół parafialny (dzisiejsza archikatedra pełniła funkcję kościoła klasztornego). Część murów z pierwszego budynku zachowały się do dnia dzisiejszego.
Kościół został zniszczony w 1577 podczas wojny polsko-gdańskiej.
Po odbudowie (1591-1593) został poświęcony w 1604 roku. Odbudowany został raczej niedbale - gdyż w 1637 trzeba było naprawiać mury, grożące zawaleniem.
Wieża pochodzi z 1709 roku.
Rokokowe wyposażenie oraz kartusz na wschodniej ścianie kościoła wskazują na prowadzenie prac remontowych w czasach opata Jacka Rybińskiego (1740-1782).
Od roku 1831 (w praktyce od 1833) kościół był uzytkowany przez gminę luterańską.
Kościół przeszedł gruntowny remont w latach 1879-1882 (wtedy powstała kruchta oraz wystrój stropu).
W roku 1946 kościół został oddany w posiadanie katolików.
W 1960 dokonano renowacji kościoła odsłaniając przy okazji gotyckie partie muru. Nowe wyposażenie kościoła w 1973 roku.

Obecnie jest to kościół filialny parafii archikatedralnej. Przez jakiś czas służył także katolikom obrządku bizantyjsko-ukraińskiego (greko-katolikom).

Wewnątrz kościoła można zobaczyć ołtarz, ambonę i konfesjonał w stylu rokoko oraz sześć płyt nagrobnych z XVII i XVIII wieku.
Obok kościoła znajdował się kiedyś cmentarz używany do 1832 roku, na którym pochowani byli między innymi gdańscy rycerze zabici przez Krzyżaków w 1308 roku.

Otoczenie kościoła św. Jakuba